学院学科门类齐全，中药学学科入选国家“双一流”建设学科，是江苏高校优势学科，生药学二级学科为国家重点学科。现有中药学一级学科博士点，10个二级学科博士点，10个二级学科硕士点，2个专业学位硕士点，设有中药学博士后流动站。中药化学、中药分析学、中药生命组学获批国家中医药管理局高水平中医药重点学科建设项目。

学院实施研究生教育质量提升工程，研究生培养体系不断完善。近年来，中药学各二级学科硕士生/博士生招生规模基本保持稳中有增，总体录取率、推免生占比（硕博连读生占比）和来自双一流高校学生占比较好。中药学学科注重深化研究生培养机制改革，强化培养过程管理，积极实施研究生教育综合改革，在江苏省研究生培养模式改革成果奖，江苏省研究生教育教学改革研究与实践课题立项、江苏省研究生优秀课程和中国学位与研究生教育医药学研究生精品课程立项等工作中取得优秀成绩，并积极开展研究生优秀课程和全英文课程的立项工作，通过开设国际化公开课，开展 “弘景讲坛”、“CPU大讲堂”、“药学名家讲座”、江苏省研究生论坛和实施研究生海外交流项目计划等多种学术活动形式，研究生培养质量稳步提高。近年来获得全国优秀博士论文提名1篇，江苏省优秀博士学位论文数3篇，江苏省优秀硕士学位论文数5篇，在2013-2018年的教育部和江苏省学位论文抽检中，中药学学科研究生论文全部合格，优秀率也高于同期水平，研究生人才培养质量得到有效保证。